موسسه زیتون سازمانی است مردم نهاد که فعالیت‌هایش به وسیله دوستداران سیدالشهدا علیه‌السلام در سراسر دنیا اجرا و حمایت می‌شود. عدم وابستگی به گروه‌ها و جریان‌های مختلف فقط با اتکا به حمایت های مادی و معنوی مردم امکان پذیر است.
در نظر ما استقلال به معنای عدم اثرپذیری دستوری در تصمیمات استراتژیک از منابع بیرون سازمان است. در این دیدگاه رعایت قوانین کشورها، دریافت حمایت‌های دولتی و غیردولتی، تعامل و همکاری با افراد و سازمان‌های مختلف تناقضی با اصل استقلال ندارد.
شناخت دنیای معاصر و استفاده از روش‌ها و لوازم روزآمد به منظور حفظ و گسترش میراث فرهنگی و مذهبی لازمه فعالیت در هر زمانه‌ای است. بهره‌گیری از دانش مدیریت، علوم اجتماعی و انسانی در کنار بهره‌مندی از تکنولوژی روز ما را از سایر رقبا متمایز می‌کند.
فعالیت‌های موسسه زیتون در عین تنوع در جنس و مخاطب، متمرکز بر موضوعی مشخص و محوری‌است. هر پروژه و اقدامی در این موسسه به شکل مستقیم یا غیرمستقیم در جهت پیشبرد هدف اصلی و محوری آن خواهد بود.